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Forbes, V.E., Salice, C.J., Birnir, B., Bruins, R.J.F., Calow, P., Ducrot, V., Galic, N., Garber, K., Harvey, B.C., Jager, H., Kanarek, A., Pastorok, R., Railsback, S.F., Rebarber, R., Thorbek, P., 2017. A framework for predicting impacts …
Stark JD, Banks JE. 2016. Developing demographic toxicity data: optimizing effort for predicting population outcomes. PeerJ 4:e2067. 久々のメモ。個体群モデルのパラメータを”きちんと”推定する上で，何週間の試験が必要か，を調べた研究。なんとい…
さて，個体群モデルのデータベースとかあるといいなぁと思っていたら，Comadre & Compadreというものができているようです。なるほど！やっぱあるのね，という感じなのですが，まだ動物の方は公開されてないみたいです。これを知ったのが，このブログなので…
Tanaka, Y.; Nakanishi, J. Model selection and parameterization of the concentration-response functions for population-level effects. Environ. Toxicol. Chem. 2001, 20 (8), 1857-1865. 国環研の田中さんのお仕事。なんか田中さんのやったことが理…
Sakamoto, M., J.-Y. Ha, S. Yoneshima, C. Kataoka, H. Tatsuta, and S. Kashiwada. 2015. Free Silver Ion as the Main Cause of Acute and Chronic Toxicity of Silver Nanoparticles to Cladocerans. Archives of Environmental Contamination and Toxic…
Letcher, B.H., Nislow, K.H., Coombs, J.A., O'Donnell, M.J. & Dubreuil, T.L. (2007) Population response to habitat fragmentation in a stream-dwelling brook trout population. PLoS ONE, 2, e1139. Whiteley, A.R., Coombs, J.A., Hudy, M., Robins…
あなたの使っている個体群モデルはどうなん？って突っ込まれるとアレなんだけど，データに対してこのフィッティングで話を進めていいの？という感じ。もう図2のA,Bを見て気持ちが萎えて，全然読んでないんだけど，とりあえずメモとして。いや，大事な問題な…
某シンポにRay Hilbornさんが来るというので，参加して，サインをもらっておきました。話自体はあんまりだったんだけど，Mさん曰く「持続可能性という名の下に過剰規制されていることに意識があるのではないか」という話でしたが，持続可能性の定義曖昧だ，…
Burgess, M.G., Polasky, S. & Tilman, D. (2013) Predicting overfishing and extinction threats in multispecies fisheries. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 110, 15943-15948. Tilmanさんがいます。…
Bickham, J.W., Sandhu, S., Hebert, P.D.N., Chikhi, L. & Athwal, R. (2000) Effects of chemical contaminants an genetic diversity in natural populations: implications for biomonitoring and ecotoxicology. Mutation Research-Reviews in Mutation…
Liess, M., Foit, K., Becker, A., Hassold, E., Dolciotti, I., Kattwinkel, M. & Duquesne, S. (2013) Culmination of low-dose pesticide effects. Environmental Science & Technology, 47, 8862-8868. 低濃度がどれくらいなのか，わからないけど，パル…
Kidd, K.A., Blanchfield, P.J., Mills, K.H., Palace, V.P., Evans, R.E., Lazorchak, J.M. & Flick, R.W. (2007) Collapse of a fish population after exposure to a synthetic estrogen. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United…
Beaudouin R, Dias V, Bonzom JM, Pery A. 2012. Individual-based model of Chironomus riparius population dynamics over several generations to explore adaptation following exposure to uranium-spiked sediments. Ecotoxicology 21:1225-1239. ユス…
Grimm et al. 2005. Pattern-Oriented Modeling of Agent-Based Complex Systems: Lessons from Ecology. Science 310:987-991. ERA（＋モデル）な世界でも有名なGrimmさんは，Scienceを持ってたんですね。DeAngelisさんも一緒に。ざっと読んだだけであんま…
Iwasaki Y, Hanson N, (2013) Using population level consequences as a basis for determining the “x” in ECx for toxicity testing. Integrated Environmental Assessment and Management 9(2): in press [appeared in "Learned Discourses: Timely Scie…
別件*1で見つけて使ったブルーギルの個体群モデルに駆除の効果（駆除割合）を入れて，平衡個体数*2に及ぼす影響や，駆除に必要な駆除割合などを計算した論文（事例研究）が応用生態工学に受理されました。モデルに限界があるのは重々承知しておりますが，駆…
Hanson & Stark. 2012. Comparison of population level and individual level endpoints to evaluate ecological risk of chemicals. Environmental Science & Technology 46:5590-5598. Hanson & Stark. 2011. An approach for developing simple generic …
Rおそるべし。個体群モデリングなんかをしている理論系の人にはRなんてのはそもそも不要だと思われますが，Rにはpopbioというパッケージがあって，レスリー行列を与えたら，個体群増殖率(lambda)を計算してくれたり，弾力性（弾性力）や感受性行列まですぐに…
以下の論文から，ブルーギルの繁殖関係のメモ。 中尾ら, 2006a. 琵琶湖北湖における外来魚ブルーギルLepomis macrochirusの繁殖生態. 魚類學雜誌 53, 55-62. 中尾ら, 2006b. 外来魚ブルーギルの卵・仔魚に対する在来巻貝類による捕食. 魚類學雜誌 53, 167-17…
