A way of thinking

筆者個人の思考過程です。意見には個人差があります。

Beaudouin R, Dias V, Bonzom JM, Pery A. 2012. Individual-based model of Chironomus riparius population dynamics over several generations to explore adaptation following exposure to uranium-spiked sediments. Ecotoxicology 21:1225-1239.

ユスリカのIBM(個体ベースモデル)。著者の一人から論文別刷り下さいメールをもらったので,読んでみた。モデルの記述はさっと飛ばして,結果以降をざら読み。おもしろいと思うし,ちゃんと実験もしていて良い感じだと思うんだけど,accuratelyの使い方が結構ざっとしてたりとか,「emergence rateが増加してますよね」的なところの根拠がわかんなかったりとか*1,図の縦軸の意味がほんとにこれでいいの?と思ったりとか*2,うーん,と思うところも複数箇所あり*3。Grimmさんの以下の論文たちは参考になりそう。

Grimm et al. 2006. A standard protocol for describing individual-based and agent-based models. Ecol Model 198:115-126.
Grimm et al. 2010. The ODD protocol: A review and first update. Ecol Model 221:2760-2768.

*1:図が間違ってるのかも。

*2:単なる説明不足か,ボクが読み込んでせいなのかもしれないけど,# emerged femalesとかmalesとかって表記で,1以下の刻みに数値が落ちているのはなぜ?よくわからない。。

*3:Ecotoxもこの程度の査読なのか!と思ってしまうよ。まぁハンドリングエディターや査読者依存なところがあるのでなんともいえませんが,ちょっと残念