R
2つの変数のかけ算の中央値と信頼区間を調べるとする。中央値の方は，それぞれの変数の中央値のかけ算でも大差はないが，信頼区間となると，それぞれの変数の信頼限界の値のかけ算ではずれてくる。当たり前ではありますが，ちょっと気になったので，調べてみ…
二項分布をfamilyとするGLMで確率が0%や100%はモデル予測に使われていないのか？という素朴な疑問（例えば，応答変数が生存率だった場合，10匹中0匹生き残ったとか，10匹とも生き残ったという状況）。logit変換の式を見ると，確率pが1または0の時は分母が0に…
変数が色々あるときにその間の相関をざっと見るのに多変数の相関を可視化する方法メモがとても良い。先日見つけて，今日「ああそういえば」と思って使って見たら，とてもいい。Rはほんと探せばなんでもあるんじゃないかぐらいある。
忘れて再三探すので以下に：parで軸の数字と説明の間の間隔を調整する場合は，mgpを使えばよい。例えばこんな感じ。 par(mar=c(4,4,1,1), mgp=c(2.5,1,0))
全然やっていてアレなんですが，やっぱ良くないんですね，ということが議論されている模様*1。この場合ってどうしたらいんですかね？モデルのランキング自体が変わりうるんですかね？全然分かってないです。 http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/log/curre…
Sanchez, G. 2013. PLS Path Modeling with R. http://www.gastonsanchez.com/PLS_Path_Modeling_with_R.pdf NSNさんに依然教えてもらったやつ。ふと目についたので，眺めてみたけど，2章までさらっと読めた。次の章は，メソッド的なところなので難しそうだ…
多重比較のREGWQ*1をRでしたいばあいは，mutossというパッケージのregwqという関数がある模様*2。multcompは，GLMに使えるけど，多分この関数はLMしばりだと思う。 *1:ネットでちょっと検索しただけですが，Ryan, Einot, Gabriel, Welch q testが略記のもと…
乱数をひいて二項分布（logit）から発生させたデータ（1000セット）使って，正規分布な非線形モデル群（Rのpackage drcを利用）と二項分布なGLMで濃度反応関係を推定させ，LC50も推定してみました。まだ1個のパラメータセットしかやってませんが，まぁざっく…
生存率など，結果が0か1の観測値からなる毒性試験結果は，GLMを使った方がいいと思う。というのは前から言っているし思っていることなのですが，Rでの解析方法について日本語だとここに比較的詳細で丁寧な説明がありますね。過分散とかは扱ってないけど，と…
Oswald, S.A., Nisbet, I.C.T., Chiaradia, A., Arnold, J.M., 2012. FlexParamCurve: R package for flexible fitting of nonlinear parametric curves. Methods Ecol. Evol., NA. 正規分布が誤差で，「色んな非線形の形を一挙にモデル選択できますよ」とい…
Zhang, J., Bailer, A.J., Oris, J.T., 2012. Bayesian approach to estimating reproductive inhibition potency in aquatic toxicity testing. Environmental Toxicology and Chemistry 31, 916-927. 流し読み。ベイズでポアソン分布を使って，卵数への影…
林さんの統計学的推論のお話も楽しそうです。スライドをざっと眺めた限りでは，後半あたりから，ついていけませんでしたが。。*1 *1:まぁそのうちおこぼれを…
Johnson JB, Omland KS. 2004. Model selection in ecology and evolution. Trends Ecol Evol 19:101-108. 不意に見つけたモデル選択に関するTREEのレビュー。とても分かりやすかったです*1。ちゃんと，モデル選択本を読んでおく必要があるかもしれません。…
以下，いつも通り，とりあえずのメモとして。 生態学あたりでは有名な以下のモデル選択本では，サンプル数が小さい時には，AICではなく，AICcの使用が進められています。Model Selection and Multimodel Inference: A Practical Information-Theoretic Appro…
Rおそるべし。個体群モデリングなんかをしている理論系の人にはRなんてのはそもそも不要だと思われますが，Rにはpopbioというパッケージがあって，レスリー行列を与えたら，個体群増殖率(lambda)を計算してくれたり，弾力性（弾性力）や感受性行列まですぐに…
Quinn and Keough (2002)では，重回帰における多重共線性の問題について。 冗長な説明変数を削る リッジ回帰を使う 主成分回帰を使う の三つをあげた上で，1の方法で回避できない場合は，比較的容易な方法かつPCAは共線性を調べるのに便利という2つの理由か…
今更ですが，Rの中で数字がどのように扱われているかに気づきました。これ。とりあえず，値が等しいとか，数値を比較する場合は注意が必要。KTさんが，最近みんなコンピュータ使ってるけど，コンピュータ内での計算誤差ってどれくらい気にしているのかな，と…
必要に迫られて，スプラインって結局なんなんだ？とかを知れるかなと思い，買った本。「みんなのための〜」を以前に買ってて，全然読めなかったけど，amazonの評価を見て，入門講義ならと思ったけど，やはり断念。最初の方は，大分分かりやすかったのですが…
library()したパッケージをdetachする方法。 detach(package:パッケージ名)
もう一本，ベイズな論文を読んでみる。確かに便利だし，"うまく"モデリングすれば*1，モデルはできるけど，ちょっとモデリングできたこと自体で，評価されちゃったりしてるんじゃないかな。ベイズの有り難みは分かるけど，この論文の有り難みはなんかよくわ…
ANOVAとかを使わずに，ベイズな閾値モデルを使って無影響濃度を推定しましょうというお話など。多分，これでも良いと思うのですが，モデル選択的な話はきちんと考えると避けて通れないんじゃないかなとも思ったり。解析データの一部は，ここにあるようですが…
Whittingham et al. 2006. Why do we still use stepwise modelling in ecology and behaviour? Journal of Animal Ecology 75:1182-1189. ステップワイズ法を批判した論文。というか，そこから色々幅広く言及している気がしますが。大部分は聞いたことある…
segmentedを使って出てくる信頼区間の値が，どうも前出したやつと違うなぁと思っていたら，どうやら導出方法が正規分布使用からt分布使用に修正されたよう。なるほど。通りで信頼区間が広がっているわけだ。 http://cran.r-project.org/web/packages/segment…
折れ線回帰は色んな意味で便利なんだけど，データがいまいちだと，折れるところ（分岐点）によって，局所解が沢山出てきてしまって，いけてるパラメータセットをうまく抽出できないことがある。これは，特にブートストラップとかして，パラメータの信頼区間…
MCMCでパラメータ推定のお話。 こういうやってやるんすねぇ。SBTさんのコードと合わせて，じっくり勉強したいところ。 こちらも参考になりそう。
「それによって何人の人が命を失っているのか」を考えることで，不安の低下が起こったというのは，おもしろい。 中谷内＆島田 (2010). 日本人のハザードへの不安とその低減 日本リスク研究学会誌, 20(2), 125–133. 統計メモ的。 プロマックス回転を行ったの…
二項分布logistic回帰の回帰係数の話で，標準偏回帰係数を求めて，相対的な効果の大きさを比較したいとの相談。 こちらによると，偏回帰係数×標準偏差で標準偏回帰係数が求まるとのこと。Rで追試しようと思うと，掲示板にある標準偏差とやらが，どうも再現で…
こちらはよくわからんので，パッケージの作者に問い合わせてみる。でも，返事がくるかは期待薄。前に色々質問して，多分ブラックリスト入りしている気がするので。。 以下にエラー x$formula : 'symbol' 型のオブジェクトは部分代入可能ではありません。 と…
Rのヘルプを使おうとして， ?glm とかと入力すると。 ERROR The requested URL could not be retrievedWhile trying to retrieve the URL: http://hoge.hoge/library/stats/html/glm.html The following error was encountered: * Access Denied. Access con…
大学によって異なるらしく，proxyまわり*1の設定が必要のよう。ここを参照しました。 *1:と書いていますが，よくわかっていません
