R
Coxさんが公開している，（多分）毒性解析をしたい人向けのR資料。dose.pでLC50を計算するとか。
Noe, D.A., Bailer, A.J., Noble, R.B., 2010. Comparing methods for analyzing overdispersed count data in aquatic toxicology. Environ. Toxicol. Chem. 29, 212-219. Nobleさんが，以前にoverdispersionと二項分布で書いていた論文のポアソン版。疑似…
SETACの雑誌がWileyに移ったので，しばらくアラートが届かなくなっていました。 Ritz, C., 2010. Toward a unified approach to dose-response modeling in ecotoxicology. Environ. Toxicol. Chem. 29, 220-229. Environment CanadaがGuidance document on …
本日，KMさんやHYSさんと投稿していた論文のアクセプト通知がきました。しかも，Highlighted Articleにしてくれるという特典付き！やっほい！めでたいぜ（＞TMTさん） 古いけれど長期間実験している毒性試験の結果*1を使って，重金属の魚類（Fathead minnow…
いろんなlibraryが2.10.1の元で…とうるさいので，今更，2.9.2から2.10.1に更新。以前に更新したときに，.RDataをクリックしてもRが起動しなかったのですが，今回はそんなことなさそう。しかし，なんでヘルプがブラウザ表示になったんだろう。?glmとかで出て…
総当たりなモデル選択を行う際に，力業で全部コードを書いて，source()で走られていたのですが，ここにありますね，とっても使いやすいコードが。ありがとうございます。これで，大分楽になりました。それにしてもRのプログラミングの基礎みたいなのが確実に…
Rでoffsetを使ったGLMをやった後に，実測値と回帰線を同じ図に載せたい場合，どうするのか，わからなかった。とりあえず保留。分かる方教えてください。 例えば，こんな感じの式。 m0
GLMだと，library(MASS)の中にある，dose.pを使えば，LC50の点推定値とその信頼区間の計算とかが簡単にできる模様。
同じく，farawayさんの文章から。mcmcsampという関数があるのですね。参考。しかし，farawayさんの文章を読むかぎり，lmerはなかなか扱いが難しそう...
farawayさんの文章を読んでいて，simulateという関数があるということを知りました。これは便利。library(lme4)内にはlmer用のsimulateもあるよう。 > xx > yy > plot(yy ~ xx, , cex = 2) > m1 > summary(m1) Call: lm(formula = yy ~ xx)Residuals: Min 1Q…
ベイズを勉強しようと思ったきっかけの一つは，あるパラメータの95%CIを計算したかったのですが，思い立ってやってみるとできました（まだこれで良いかは詳細には確認できていませんが）。ただ，その結果は，信頼区間はちょー広いよというもの*1。まぁでも計…
http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/FaqGlm.html#toc4 family で指定する確率分布は，応答変数の (したがう) 確率分布。統計用語がよくわかってないので，メモ程度です。正規分布を誤差分布とする…とかってのはよく言う（聞く）のですが，ポアソン分布…
標準偏差が同じデータが2つの集団があって，それらの集団の平均値の差に興味があるとする。さらに，意味がある（検出したい）平均値の差（両側検定）は，集団の2SDだとする*1。このときに必要なサンプルサイズは，αとβが0.05のときに7.6，0.1のときに，5.1に…
WinBUGSと非線形回帰に関する個人的メモ。http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/log/2009/kubolog20090421.html WinBUGS は非線形な問題はあまり得意じゃないんだよね． 無理やり計算するけど， 収束がよくなかったりする． http://hosho.ees.hokudai.ac.jp…
separationってなんですか？R-helpとかを見るに，その状況に該当するようですが，解決策がよくわからない。 とりあえず，よくわからないのですが。ここによると，"get more data"というのが結論らしい。 ###追記20090717 どうやら，ここによると，penalized …
An Introduction to the Bootstrap (Chapman & Hall/CRC Monographs on Statistics & Applied Probability)作者: Bradley Efron,R.J. Tibshirani出版社/メーカー: Springer発売日: 1993/01/01メディア: ハードカバー クリック: 41回この商品を含むブログ (1…
正規分布を誤差分布としたlogistic回帰をやる際に，以下の青木先生の資料*1を参考にしていたのですが，どうやら，生態毒性系では？微妙に違う*2ロジステックモデルが提案されているようです。よくわからぬ。でも今のデータだと，後者の方がAICが小さくなる。…
TRAP 66 (postcondition violated) というエラーにぶつかる。データもそこまで悪くないと思うんですが。。諦めるしかないんでしょうか。 ### なるほど。tauにdgamma(0.01,0.01)ではなくて，例えば，unif(0.01,100)を入れてあげると「とりあえず」走りますか…
GLMMの話。色々，注意すべき事がありそうです。判断が難しそうなところもあるけれども，こうすべきだということが沢山書かれていて，良い感じです。
統計用語はよくわからないのですが，自分の理解が間違っていないことを祈りたいのです…。数式で理解していないことがよくない理由な気がしてきました。 一般化非線形モデル（gnlm）を実行できる関数 一般化非線形混合モデル（gnlmm）を実行できる関数。 いず…
##-以下の作業を進める前の知識レベル： 簡単なGLMMの解析をするのに，支障がない程度*1。ちなみに，GLMMに関するweb資料は沢山ありますが，久保さんの講義ノート（補講A）が分かりやすかったです。 ##-最初に，久保さんの講義ノート（上記リンクの補講B）を…
http://d.hatena.ne.jp/spidermite/20090115
betabinで推定した結果から，ベータ二項分布の疑似データを作る方法を知りたい。 この関数を使えばうまくいくかも。と思ってやってみたら，できそうです。おお。みんな過分散パラメータなるものを別個に定義していたのが，困った理由。やはり数式をいじるこ…
Rのnlsを使っているのですが，これ結構くせものですね。まぁ元のデータが悪いと言われれば，それまでですが。ロジスティック回帰の場合，うまく推定してくれないことが多い。参ったなぁ。ちなみに，とりあえず，nls.controlの中にあるtolをいじれば，推定結…
横軸がカテゴリー変数で，縦軸が連続変数の場合に，Rでエラーバーを描く方法に悩む。最初は，棒グラフではなくしようかなと思っていましたが，なかなか良い感じにならず。とりあえず，対応策としては，ここにあるbarplotを用いて，書くことに。。この辺りは…
GAMを試さないといけない感じが出てきまして，購入。誤植等はここ。よく見てなかったのですが，この本は，Farawayさんの本とは違って，線形モデルから説明してあるのですね。Generalized Additive Models: An Introduction with R (Chapman & Hall/CRC Texts…
Rでのグラフの書き方（複数の散布図を一つのグラフにする場合）がいまいち理解できていなかったですが，ここのサイトで大分理解が進みました。なるほど。titleという関数も使って，大分イケテる（とボクが思える）図が書けるようになりました。落ち着いたら…
Extending the Linear Model with R: Generalized Linear, Mixed Effects and Nonparametric Regression Models (Chapman & Hall/CRC Texts in Statistical Science)作者: Julian J. Faraway出版社/メーカー: Chapman and Hall/CRC発売日: 2005/12/20メディ…
三中さんの日録にあった，Tinn-Rの話が気になって，メールをしてみたら，丁寧に日録とメールで返答いただきました。Tinn-Rは全然まともにつかってないのですが*1，Rの持つスクリプトエディターで個人的には十分満足している。もう一つ，気になったのが，横国…
重回帰分析の多重共線性を調べるには，青木先生のサイトにもRのコードが公開されている。R-helpを見ると，package(car)の中にあるvifをなんで使わないんだい？っていう記述もある。VIFの値をどう判断するかは，色々いわれがあるようで。。 （とりあえずざっ…
