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Rってすごいですなぁ。この計算をこのデータでどうやってやろうと思って，気軽に検索してみると，意外な程，対応したパッケージがある。こうして，プログラミングの勉強をすることにならない…というのはあるかもですが。でもすごい。お世話になります。
http://vegan.r-forge.r-project.org/
といわないまでも，色々フリーでソフトが公開されているのか。
例えば，ここ。