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亜鉛の水質環境基準を類型指定する際には，

既存の水質環境基準生活環境項目で水産を利水目的としない類型が指定されている水域については、溶存酸素濃度が常に低いレベルで推移するなど、水生生物の生息の確保が難しい水質汚濁の状況になっている場合には水域類型の指定の優先度は一般に低くなるものと考えられるが、水生生物の生息状況、水質汚濁の状況、将来の利用目的等から、水生生物の保全を図ることが重要であると判断される場合には、優先して類型指定を行うこと。

や，

人為的な原因だけでなく自然的原因（鉱床地帯における岩石等からの溶出、海水の混入等）により検出される可能性のある物質が、当該水域において明らかに自然的原因により基準値を超えて検出されると判断される場合には、類型指定に当たって水域の事情を十分に考慮すること。

という記述がある。ここ。環境基準を実際に流域に当てはめていく際にはこのような配慮があって，排水基準には（実質的に）こういう仕組みはないのはおもしろい違いかもしれない。